Naruto è il protagonista della storia. E' un bambino il cui più grande sogno è diventare un grande ninja e superare il livello di Hokage. E' molto emarginato dalla gente, poichè in lui è sigillato lo spirito della volpe a nove code, un terribile mostro che con il solo movimento della coda provocava terremoti e maremoti. Il mostro venne imprigionato nel corpo di Naruto dal quarto Hokage, a costo della sua stessa vita. Naruto, per mettersi in mostra, ama fare scherzi di ogni genere. Adora inoltre il Ramen che gli cucina il suo primo maestro Iruka. Con qualche difficoltà, riesce a diventare un apprendista ninja e, insieme a Sasuke e Sakura, sotto la guida del Jonin Kakashi, diventa ninja, affrontando sempre missioni più complesse. Durante la sua prima missione di livello C, in cui deve proteggere il signor Tazuna durante la costruzione di un ponte, incontra il suo nipotino Inari, anch'egli rimasto senza padre. Naruto lo convince che piangere non serve a niente, e Inari cambia personalità. Durante il combattimento contro Zabuza, si rivela molto utile e capace di elaborare strategie molto efficaci. Successivamente, nell'esame di selezione dei chunin, supera abilmente le prove stupendo tutti coloro che lo consideravano il peggior ninja della foglia! Viene anche allenato da uno dei tre ninja leggendari: Jaraiya, che gli insegna una tecnica molto potente, il Rasengan.